Applied Biosystems™ Essai de référence du numéro de copies TaqMan™, Rnase P humain

Description

Les essais de référence du nombre de copies humaines TaqMan™ sont effectués avec les essais du nombre de copies TaqMan™ dans les réactions en duplex PCR en temps réel afin de détecter et de mesurer les variations du nombre de copies (CNV) et des régions plus petites du génome humain. Deux options sont proposées pour les gènes pouvant être utilisés comme gènes de référence endogènes : RNase P et TERT. Les dosages de référence du nombre de copies TaqMan™ sont conçus pour les séquences génomiques uniques dans l’assemblage de référence du génome (NCBI Build 37/hg19) qui sont nécessaires pour l’analyse quantitative relative du nombre de copies cibles.

Les dosages du nombre de copies TaqMan™ quantifient le gène d’intérêt et le normalisent selon un gène de référence endogène connu pour être présent en deux copies dans un génome diploïde. Veuillez noter que les essais de référence du nombre de copies TaqMan™ sont spécifiques à chaque espèce.

RNase P : L’option de gène de référence standard
Les essais de référence du nombre de copies TaqMan™ possèdent une sonde TAMRA™ marquée par un colorant VIC™ et des amorces directes et inverses spécifiques à une séquence de référence. Les essais ne sont pas limités par des amorces.

Les dosages de référence du nombre de copies TaqMan™ RNase P sont recommandés comme dosages de référence standards pour les analyses du nombre de copies. Ce dosage détecte le gène H1 (ARN H1) du composant de l’ARN de la ribonucléase P (RPPH1) sur le chromosome14 , cytobande 14 q11,2. L’emplacement du dosage est le chr.14:20811565 sur NCBI version 37. Il a un amplicon de 87 bp qui cartographie dans l’exon unique du gène RPPH1.

Le dosage de référence du nombre de copies TERT TaqMan™ est un dosage de référence alternatif. Il est recommandé dans le cas où le dosage de RNase P fonctionnerait mal sur un échantillon en raison d’une aberration chromosomique ou autres problèmes. Ce dosage cible le gène codant la transcriptase inverse de la télomérase (TERT), situé sur le chromosome 5, cytobande 5p15,33. L’emplacement du dosage est le chr.5:1253373 sur NCBI version 37. Il a un amplicon de 88 bp qui cartographie dans l’exon 16 du gène TERT.

Le plus simple des flux de travaux d’analyse du nombre de copies
Les essais du nombre de copies TaqMan™ présentent le flux de travail le plus simple de toutes les méthodes d’analyse du nombre de copies actuellement disponibles. L’essai de dosage (marqué par colorant FAM™), l’essai de référence (marqué par colorant VIC™), votre échantillon d’ADN et le Master Mix TaqMan™ sont associés et appliqués sur un système PCR en temps réel Applied Biosystems™ en suivant le protocole de dosage du nombre de copies TaqMan™ standard. En moyenne, la mise en place de l’analyse primaire ne prend que 3 à 4 heures (incluant un cycle PCR d’environ 2 heures).

Un logiciel d’analyse de données puissant
Le logiciel CopyCaller™ a été spécifiquement développé pour l’analyse des données de l’essai du nombre de copies TaqMan™. Ce logiciel gratuit et convivial utilise une interface graphique qui calcule rapidement les nombres de copies possibles pour l’ensemble des échantillons d’un cycle. Il apporte également une valeur de confiance pour chaque appel de nombre de copies et dispose d’une fonction de déviance.

Usage exclusivement réservé à la recherche. Non utilisé à des fins thérapeutiques ou diagnostiques humaines ou animales.