Applied Biosystems™ SNaPshot™ Multiplex Kit

Description

Le kit multiplex SNaPshot® fait partie du système multiplex SNaPshot®. La méthode basée sur l’extension de l’amorce du système multiplex SNaPshot® permet de multiplexer jusqu’à 10 polymorphismes à simple nucléotide (SNP). Utilisez ce système pour passer au crible et confirmer les SNP, détecter des variations mineures de séquences, évaluer la méthylation de l’ADN, effectuer la cartographie peptidique des chromosomes artificiels bactériens (BAC) ou le marquage général des fragments de restriction.

• Interrogez jusqu’à 10 SNP à partir de différents amplicons lors d’une seule réaction d’extension de bases simples
• Séparez les locis SNP qui diffèrent d’une seule paire de bases
• Une sensibilité accrue par rapport au séquençage standard permet de détecter des variantes mineures (par exemple des mutations somatiques) dans un échantillon de test
• Réduisez la complexité de vos expériences grâce à ce système de génotypage facile à utiliser et économique
• Un grand nombre de publications scientifiques démontre l’utilité du génotypage, de la détection des mutations et de la cartographie

Le kit multiplex SNaPshot® fait partie du système multiplex SNaPshot® :
1) Kit multiplex SNaPshot® (100, 1 000, 5 000 tailles de réactions)
2) Dimension standard GeneScan™-120 LIZ™
3) Kit d’étalon pour matrice standard DS-02 pour le kit de colorants E5 approprié à votre instrument

Chacun des trois composants ci-dessus est nécessaire pour exécuter le kit multiplex SNaPshot®. Le kit d’étalon pour matrice standard n’est cependant nécessaire que lors d’une configuration initiale unique pour calibrer l’instrument pour le kit de colorants E5 spécifique à SNaPshot.

4) Le logiciel GeneMapper® v.4.0 (ou version supérieure) est le logiciel d’analyse des données secondaires recommandé qui permet de configurer des panneaux et des bacs définis par l’utilisateur pour l’analyse automatisée des données.

Une analyse simple et manuelle des pics est également possible à l’aide du logiciel PeakScanner™ 1.0 (téléchargement gratuit à partir du site Web) pour les instruments 310, 3100, Instruments 3130 et 3730 (le scanner PeakScanner n’est pas compatible avec les données des instruments 3500). Pour les instruments 3500, le logiciel d’analyse des données primaires de l’instrument permet un dimensionnement des fragments et une séparation des couleurs similaires à PeakScanner.

5) Le kit Focus amorce SNaPshot (4329538) est un kit d’accessoires utile pour la conception d’une expérience ou d’un dosage (panel) unique : Analysez les amorces individuelles pour déterminer leur emplacement approximatif de dimensionnement. Cela permet de déterminer si deux oligonucléotides produisent ou non des signaux qui se chevauchent lorsqu’ils sont analysés simultanément et ainsi de régler les fenêtres de loci (bacs) appropriées pour le logiciel d’analyse GeneMapper.

Analyser et confirmer les SNP
Le système multiplex SNaPshot® est l’outil idéal pour l’analyse et la validation SNP. Le kit fournit un réactif d’extension ⁄ terminaison des bases simples en un seul tube afin de marquer les fragments d’ADN. Analysez les fragments d’ADN sur un instrument d’électrophorèse capillaire Applied Biosystems quelconque avec l’étalon de dimension GeneScan™-120 LIZ® afin d’indiquer la taille des fragments marqués. Utilisez ensuite le logiciel GeneMapper® pour analyser les données et générer des dénominations d’allèles. Le kit multiplex SNaPshot® permet le multiplexage lors d’une extension de bases simples de 10 combinaisons de modèles d’amorces maximum dans un format capillaire simple à un seul tube.

Évaluer la méthylation de l’ADN
L’étude de la méthylation⁄l’épigénétique apparaît désormais comme un élément essentiel de la recherche contre le cancer. Dans un dosage type de détection de la méthylation, le traitement au bisulfite de l’ADN désamine la cytosine non méthylée et la convertit en uracile tandis que la cytosine méthylée demeure non réactive. L’étape suivante de l’amplification par PCR convertit les bases d’uracile en thymidine. Utilisez SNaPshot® pour détecter de manière quantitative les différences des bases dans des échantillons traités et non traités afin de connaître l’état de méthylation de vos échantillons.

Effectuer la cartographie peptidique des BAC
Les nouvelles bibliothèques de BAC requièrent une méthode rapide et efficace pour la caractérisation (appelée également cartographie peptidique) et l’assemblage de clones en contigs (séquences consensus contigües) qui sont ensuite arrangés en cartes physiques du chromosome. Utilisez le kit multiplex SNaPshot® pour effectuer la cartographie peptidique des clones en marquant les fragments BAC après digestion par des endonucléases de restriction. Les fragments marqués peuvent ensuite être séparés et détectés sur tout instrument d’électrophorèse capillaire Applied Biosystems. Les informations relatives à la dimension du logiciel GeneMapper® v 4.0 ou version ultérieure sont importées dans des programmes de modification et d’assemblage de contigs supplémentaires.

De la même façon, tout fragment de restriction comportant une saillie de 5’ peut être marqué avec un colorant fluorescent à l’aide du réactif SNaPshot.

Informations sur la commande

À l’unité